Onduidelijk is wanneer Zevenhuizen is ontstaan. Op de westelijke oever van de Rotte vlak bij de meren zijn aardewerkscherven gevonden uit het begin van de twaalfde eeuw. Sporen van de eerste Zevenhuizenaren zijn gevonden op de oostelijke oeverwal vlak bij het Korenmolengat. Nadat het eerste huisje gebouwd was, volgden er al snel meer, zodat een kleine woongemeenschap ontstond waaraan de naam Zevenhuizen werd gegeven. Gezien deze naam mag worden aangenomen dat gedurende enige tijd zeven huisjes hier hebben gestaan. Het waren ongetwijfeld eenvoudige stulpjes van hout en riet, waarvan totaal niets meer is teruggevonden.
In de Middeleeuwen was het gebied van Zevenhuizen en Moerkapelle een vrijwel onbewoonbaar drassig moeras en slechts via de natuurlijke waterwegen enigszins bereikbaar. Het oorspronkelijke riviertje de Rotte was de belangrijkste toegang tot dit gebied. De eerste bewoningscentra bevonden zich op de oeverwallen van de Rotte, en hier begon men met de ontginning van het gebied. Door de eerste bewoners werd het land in cultuur gebracht en geschikt gemaakt voor landbouw en veeteelt. Het land werd verdeeld in “weren”, lange smalle stroken land, van elkaar gescheiden door sloten. De eerste ontginning reikte tot de huidige Noord- en Zuideindse weg. Van hieruit begon de volgende ontginningsfase oostwaarts in de richting van Waddinxveen.
Aangezien de ontgonnen gronden steeds verder van de Rotte kwamen te liggen, begon de afstand een rol te spelen. Er werden huizen gebouwd aan de wegen, waardoor de nieuwe dorpskern van Zevenhuizen kwam te liggen op de plaats van het huidige dorp. Dit is natuurlijk een geleidelijk proces geweest. Volgens een archeologisch onderzoek is met de bouw van de huidige laat-middeleeuwse kerk begonnen in de eerste kwart van de vijftiende eeuw, maar kwam stil te liggen tijdens de Hoekse en Kabeljauwse twisten tussen 1418 en 1428. De toren dateert van circa een eeuw later.
Van de oorspronkelijke verkaveling die bij de ontginning werd gevolgd, is niets meer overgebleven. Door de intensieve afgraving voor de turfwinning, is het gehele middeleeuwse ontginningspatroon verdwenen. Alleen in de Nessepolder bij Oud Verlaat is hiervan nog wat terug te vinden.
